そもそも時渡り系ってパラレルにしとけばだいたいなんでも説明できちゃうからな
どこか矛盾してる描写があればその矛盾を解決するためにパラレル説を採用して、パラレルだから矛盾してないでーす！って事にすればとりあえず矛盾は無くせる
逆に言うと上書き説は明らかに矛盾してる描写が1個でもあると途端に説明が苦しくなる

今回の問題は上書きを示唆してる説明や描写が多く、一方でパラレルを直接示唆する描写がほぼない事
そしてその一方でセニカの時渡りが上書きだと説明困難な事

個人的には少なくとも主人公の時は上書きだと思うし、開発も上書きのつもりで作ったんだと思うけどな