残り時間がまだあるのに撃退失敗になる現象は前から報告がありますね。
たまに出現直後の残り時間表示が、レアなら45分何秒、ノーマルなら3時間00分何秒と、本来より10数秒多くなっていることがあるので、そのせいかと。
ちなみに運営に連絡しましたが「そんなバグは起こっていません。通信環境を確認してください」という回答でした。