赤や青などキノコには7つの色があり、同色のピクミンがもっとも相性のいい個体になっている。

・赤色のキノコ：赤ピクミン/岩ピクミン
・青色のキノコ：青ピクミン/岩ピクミン
・黄色のキノコ：黄色ピクミン/岩ピクミン
・白色のキノコ：白ピクミン/岩ピクミン
・茶色のキノコ：岩ピクミン/紫ピクミン
・グレーのキノコ：岩ピクミン/紫ピクミン
・ピンクのキノコ：羽ピクミン/紫ピクミン

岩ピクミンは赤青黄白のキノコに対して、紫ピクミンはそれ以外3色への代打としても有効だ。