要するに、安倍夫妻等の上の命令で動いていたなら
役人が資料を勝手に改竄するとは考えづらい。
自分たちがそこまでの泥かぶるメリットも少ないし。

値引きを役人が勝手にやったミスなのなら、
出世やら諸々の影響を恐れて役人自身が問題の隠蔽を図る為に
資料を改竄した可能性は十分にあり得る