DSのFFCCは3本じゃなくてRoFとEoTの2本だな、ストーリーの繋がりないし順番は気にしなくて大丈夫
どうしても気になるならシステム的に古いRoF（武器やストーリーの操作キャラ固定）やって
新しいEoT（キャラぬるぬる動く、主人公はキャラクリ強制）やるといいかもぐらい