スイッチが好調だしe-shopは終了しないでしょ
3DS故障してもe-shopログインの時のIDとパスワードを控えておいたら
新しい本体で再DL出来るだろうし
ただこの場合はセーブデータの引継ぎ出来ないから引越しさせるほうがいい