それならもう一度フォーマットからやり直してコピーして大丈夫かな
SD抜いた後も、コピーして戻すまでは3DSの電源も入れない方がいいが、これは関係ないかも
最後にちゃんと認識してる状態で丸ごとコピー出来てるなら、基本的にその状態に戻すだけで復旧できる