多分それアップデートファイルの定義が壊れているのだと思う。
日本のDL版だったら、本編削除後、storeかDLリストから落として、
アップデートを1からやり直す。
海外のディスク版だったら、ゲームシステムから、更新ファイル消して、
同様にアップデートをし直す。

これで変わらなかったら、もうその世界のセーブが壊れているから、
諦めなさい。