この度switch版でマイクラデビューしました、チュートリアル中の者です。

ピースフルでのんびり進めたいのですが、取り返しのつかないデメリットってありますか。

海底神殿のボスが消えるのはわかりますが、それによって困るのはボスドロップが入手不可という事ですか？
「手ごわい敵と戦う経験が出来ない」というだけなら気にしないのですが、入手不可アイテムが出るのは少し嫌です。