一方向からの搬入出制御ならXnetとかの別mod使うのが一番スッキリしそう
mekanismのパイプでやるならパイプの搬入出設定せずに繋げて自動搬出onにすれば送り返してくれる
ただ基質の搬出先にバイオ燃料が流れ込まないように色設定やらドロワーに鍵付けるなりで制御する必要はある