その状況からだと、燃料ポンプが怪しいか。ヤマハのポンプはリコールが多く、対策後でも不具合出る事有るし
あと、水冷ギアはガスケット抜けが多いね。リザーブタンクだけではなく、ラジエター内も見た方がいい