アースの接続は問題無かったでしょうか。背もたれの中にレギュレーターが有り、このレギュレーター本体はフレームアースされている必要があります。
またレギュレーターと同じ経路から分岐している緑色の線(丸型端子つき)が有りますが、この緑色の線もフレームアースされている必要があります。
お伺いした内容から、
マフラー詰まりや圧縮漏れ、電装品の不良など、推測できる答え(故障箇所)は多岐にわたるため、現状で明確な解答が難しそうです。申し訳ありません。
電気屋さんということで大丈夫だと思いますが念のためにお聞きしますが、
リレーというのは、バッテリーのすぐ後ろに付いているリレーで合っていますでしょうか?(ゴムカバーに覆われた、4ピン端子の部品です)
それとエンジンナンバーではなくフレームナンバーが解ると助かります。