プーリーがって言うよりベルトがバタついてるんじゃない？
もしくはキックペダルのスピンドルかセルモータのギヤが干渉してるとか
多分ベルトだと思うけどプーリー斜めに無理矢理入れたとかローラーの向き間違えてるとか何か心当たりないかな？
普通プーリー変えただけでそこまで異音出るって考えにくい