お住いの地域が分かりかねますが、修理は購入された販売店でしょうか？
またカワサキ正規販売店でしょうか？
同じ症状にて1回目がリレー不具合、2回目がスロットルボディー不具合と診断された
根拠が気になります。
ECUは各ｾﾝｻｰに電気信号を送り、各ｾﾝｻｰは送られてきた信号に基づき作動し、
また電気信号をECUへ戻します。
H2のマニュアルは確認していませんが、通常電子制御スロットルは安全機構のため、
オープニング、クロージングに独立したｾﾝｻｰを設けており、
それぞれ0〜5Ｖ、 5〜0Ｖと、2つのｾﾝｻｰの電圧の総和が約5Ｖになるよう設計されてます。
ハーネス抵抗による電圧降下があるので、たぶんマニュアルだと4.数Ｖと記載が出ているかと思います。
ECUはこの戻り信号が正常でないと、ｽﾛｯﾄﾙﾎﾞﾃﾞｨの断線、短絡というトラブルコードを検出します。
