たぶんそれはブーストされたポケモンで、X時0分になる前に現れてて、捕まえる時は0分超えてたんじゃないかな。

そうなると、天候が変わって個体値が変わる事がある。
天候ブーストによる高個体値のポケモンは天候が変わる可能性のタイミングは、注意した方がいいよ