とりあえず、

本体側Bluetooth設定で接続
そのあと一旦Bluetooth、オフ
再度Bluetooth、オン
ポケモンGO起動
ポケモンGO側で接続

が安定してる

切れる度にポケモンGOも再起動やな

それでもダメなら、ポケモンGOのキャッシュ削除

それでもダメなら、端末再起動かな