どれも正解。Steam Overlayが表示できないゲームだと(Steam上のゲームであっても)使えない。
表示できるゲームなら、Steamにショートカット登録さえすれば、マウス・キーボード・XInputの機能を好きに組み合わせて使える。
表示できないゲームでどうしても使いたいなら、デスクトップ用のコンフィグを一時的にそのゲーム用の物に変えれば、マウスとキーボードの機能だけならそれでいける。何故かXInputは、Overlayなしでは無理。