攻略サイトのバグ報告掲示板に対処法が載ってたので参考まで
要するに「前周のフラグを参照しちゃうのでクリア済みルートに戻ってフラグをリセットしないといけない」ということらしい?
https://i.imgur.com/nxKruLn.jpeg