クロノ
主人公。17歳の少年。セリフは喋らない
日本刀と天属性の魔法による攻撃がメインになるキャラクターである。

セルジュ
主人公。17歳の少年。
エルニドにあるアルニ村で生まれ育つ。
アナザーワールドでは10年前に海で溺死し故人となっているが、ホームワールドでは生存している。
この生死分岐が、作品中で行き来できる二つの世界が誕生する原因となった。
前作の主人公と同様にセリフをしゃべることはないが、代わりに選択肢がある程度彼の性格を感じさせる文章となっている。
なお、ヤマネコと精神を入れ替えられた際、セルジュの振りをしたヤマネコの一人称は「俺」。
物語中盤から終盤までヤマネコの姿で過ごすことになるが、
龍たちの加護を得て本来の肉体を取り戻し全ての黒幕であるフェイトと決着をつけることとなる。
その正体は「凍てついた炎」と接触し星との調和を行うことができる唯一の存在「調停者」である。
14年前に海岸でヒョウ鬼に襲われ致命傷を負い、ワヅキとミゲルによって医者の元へ向かう途中で嵐に遭い死海へ流れ着く。
そこで保管されていた「凍てついた炎」と接触したことで一命を取り留めるが、
炎は彼を「調停者」として認識しセルジュ以外と接触できなくなってしまった。
そしてワヅキはフェイトに憑依されヤマネコとなり、凍てついた炎にアクセスするために主人公を亡き者にしようとしたと思われる（これによって
十年前、アナザーワールドのセルジュは死亡）。ホームワールドのセルジュも同様に死に掛けるが時をかけたキッドによって救われる。
彼がたびたび見るキッドが振り返るシーンはこの時のものである。
実はセルジュが死んでしまったアナザーワールドこそが本当の時間軸であり、本来ならばセルジュは死ぬ運命であったという。
しかしキッドによって助けられたため矛盾が生じ、それが二つのワールドを生み出すきっかけとなった。
終盤ではクロノクロスの使い手として「覚醒」し、時喰い本体（サラ）を浄化。これによって二つに分かれた世界は個別の事象となり、
歴史は修正され、セルジュや仲間たちはこれまでのことを忘れてしまう。
そしてセルジュは物語の始まり――レナとの約束を果たすところまで戻されてしまった（ただし断片的にだがこれまでのことをいくらか覚えている）。