少し前にavatar2.0→3.0への有料コンバートツールで失敗すると書いた者だけど、色々触ってたら解決
原因は、おそらくunityに対する理解不足
2.0からのエクスポートは良いとして、3.0でのインポートの対象選択でprefabを選んで失敗してた
ヒエラルキーで、prefabの右側に表示されている「＞」クリックして出てきたゲームオブジェクト？選んだら成功した
インポート時にprefab選べないようにエラーチェックとか無いのは、コレがunityの常識なんだろうなーと。
見様見真似で触っているから仕方ないが…