steamのコントローラ設定にちなんだ不具合は後を絶ちませんねw
設定は初期化されますが、ダメ元でも試したいという方がいれば参考までに…

①デバイスマネージャーの確認と整理
コントローラ系の接続情報が無意味に増えた状態になることが多いです
デバイスマネージャ画面のメニューから 「表示」 → 「非表示のデバイスの表示」
ここで未接続のコントローラ情報が出てきた場合、その全てを削除(デバイスのアンインストール)をする
(自分も1つのコントローラしか使ってないのに、未接続の物が11も残っていたことがありましたw)

②Steamのコントローラ設定のリセットを試す
全ての設定でデフォルトに戻せるものは戻してみる
また以下に設定ファイルがあるので、一度すべてを削除してみる(バックアップ推奨)
 ~/Steam/userdata/147450403/241100/ の中の全ファイル
 ~/Steam/userdata/147450403/config/controller_configs/apps/ の中の全ファイル

ここでPC再起動を推奨

③コントローラのみを接続した状態でSteamを起動、コントローラの各種設定を行う
(周辺機器を最低限にする。 特に操作系要素が含まれるデバイスは接続しないこと)

最後に、当然ではありますが、Windowsは管理者権限のあるアカウントを使い
そのアカウント名(PCの名前)には全角文字は使わず、半角英数のみの使用が推奨です