普通に使っていれば何も問題はない

普通と言うのは自分のアカウントに自分のユーザーネームを連携していれば何も問題はない
何を血迷ったか自分のアカウントに妹のユーザーネームを連携してるようなおかしな奴だけが困る
普通はあり得ない

解除したらセーブデータが消されて困るのなら、データを他のハードに移せばいいだけ
他のハードに移すことはできる
スイッチは本体に（アカウントもユーザーも）何も紐付けされない