いくらでも思い付くけど共通してるのは「既存の遊びを壊す」要素だなぁ。
もうされてしまったものでいうと
・標準テクスチャの変更(アレンジ版の配布でもなく強制)
・山猫の飼い慣らしによる猫化廃止(完全な別MOB化)
・ウィザーのブロック破壊強化
・ポーション作成のポテト粉要求
・水源&水流の明るさ減衰削除
あたりかね?

テクスチャに関しては今のMinecraftに合わせてってことらしいけど、
逆に元々のテクスチャが合わないと感じるアップデートを自分達でしといて
どの口が言ってるのとも思うのが正直な所。
あぁ…ちょっと口悪くなったごめん。