やってないから分からんが大体のパターンは
1.JEIに表示されるがレシピは表示されない(レシピ削除)
2.JEIに表示されるがレシピは表示されない(JEI非対応の作成方法)
3.JEIに表示されずにレシピもない(レシピ削除&非表示)
基本的にレシピ改変系でクエストがあるならクエストのアイテム以外は作れないと思っても良いかもしれない