質問をまとめてみた
・意訳あり複数レスのまとめあり真偽不明
・主観(○○が良い・××がおすすめ等)に注意
・新たなレベル上げ・金策等の発見で情報が古くなる可能性あり

○すれ違い・ヨッチ族
すれ違いはいつから?
 →レベル10くらいの進度でできる
すれ違いてヨッチ設定してドラクエ終了させて本体スリープでOK?
 →ゲームを起動させてなくてもスリープ状態なら大丈夫
町やフィールドに居て消えたりするもののけ姫のこだまが半透明になったみたいなやつは?
 →ヨッチ族。PS4では消えるから話せないしクリアしても謎のまま
ヨッチがバリアのモンスターで全滅するけど?
 →雑魚と戦ってゲージ貯めてバリアと同じ色のヨッチの呪文使う
ヨッチのランクってどうしたらあがるの?
 →本編進める

○メインストーリー
ドラクエ今までやったことないけど11から始めて内容わかる?
 →何も問題ないぞ
神の岩って再度行けるようになる?
 →馬に乗って城に向かう時が来たらまた入れる
姉妹と行ったダンジョンイベで強制送還されたけど牢屋にアイテムある?
 →一杯あるけど鍵が掛かってるから鍵を手にいれてから行った方がいい
仲間何人か離脱するって本当?
 →本当だけど順次復帰しエンディング後になるが全員復帰する
ヌルスケの墓はどこ?
 →ネルセンの宿屋の東側
今のキナイと過去のキナイって血の繋がりは?
 →ない
ロミアに嘘つくのと真実を語るのでその後のストーリー変る?
 →変わる。真実:泣けるストーリー。嘘:あっさり。貰えるものは変わらない
バンデルフォン城跡の結界みたいので入れない地下室ってどうやって入るの?
 →クリア後
旅の思い出ってどこで見る?(3DS版)
 →メダル女学園のメダル王の部屋の前の木から見れる
ストーリーの時系列って11→3→2→1で合ってる?
 →2と1は逆だろ
過去に行ったら仲間のレベルが下がりました。
またレベル上げをしないといけないのですか?
→ちょっと進めればすぐ元に戻る
ラスボス倒して過去に行けるようになったんだけどその前にやっといたほうがいいことある?
2度と取れないアイテムとかイベントとか
→確認されてない
強いていえば戦えなくなった敵は上位互換を倒すことで討伐数が0のままモンスターリストに載る