解釈として
クリア後の話の流れと順番から
イレブンがやり直して聖竜が闇落ちした世界
↓
1と2に続く

セニカが過去に戻ってやり直した世界
↓
3に続く（赤と緑の本があったのは双方の歴史を知るセニカだった為とローシュ達が3のキャラと同じ格好）

っということでロトシリーズを分岐させたというのが俺の解釈。
こう考えるとエンディングの流れしっくりこないか？