細かい話だが、海底神殿でクラーケン倒して祭壇からワープで地上に帰った後
もう一度オンラクの街に入り直すと潜水艦は波止場に戻ってる
ドラクエのルーラ的な力(乗り物ごとワープ先に付いてくる)でも働いたのだろうか