あ、ごめん別々のデータでやりたいって事かな…
そしたら片方はGame Center使わないでやるか、Game Center用に別のApple IDとって入れてやるかだと思う
とりあえずデータ連携してるのはGame Centerだからそっちで入れてるApple IDが違うなら一緒にはならないはず