グローリーラインについてはうろ覚えですが、
・飛ぶ海賊や船を使う
・耐久力のある海賊を使う
・モンスターに有利な特技を持ってる海賊を使う
・船を破壊される場合はレベルの低い船を使う（戦力%の減少を抑える為）

などを意識しながら海賊を育て編成すればその内攻略できると思います
まあ無理そうなら今はストーリーを進めた方が良いでしょうね