自動収穫を止める方法はないのでだいたい以下のような方針で対処する感じかな
とりあえず岩の育成が進んでなければひたすら岩育成でスタミナ消化するのをおすすめしとく

・スタミナ枯らして寝かしつける
岩とか丘とか収穫で育成進められるオブジェクトがあればとりあえず1種類集中して育てる
育成どうでもよければ花lv2〜3あたりを並べて収穫連打〜ライフオーブは適当にマージしてタップで処分

・ドラゴンの稼働数を減らす
家を減らしてスタミナ回復速度を下げる
マージして数減らす

・あちこち散らかすのを防ぐ
収穫した物は同じ種類のオブジェクトの近くに落とそうとするので
キャンプの一角にゴミ溜めスペースをなんとか確保して、散らかりやすいものを1個ずつ置いておく
ゴミが溜まって来たら定期的に処分