あくまで勝手した人間を嫌ってるだけでドロシーはアークそのものは恨んでないでしょ
だからこそエデン作ってはみたけどやっぱ何か違うわでアークに戻ることに拘ってるんだし
面談でもエデンよりアーク上げする方が好感度上がるのはその辺反映してだろう