ワロス(´･ω･｀)
https://support.nintendo.co.jp/app/answers/detail/a_id/32229/related/1

Wii Uと3DSシリーズ本体に同じニンテンドーネットワークIDを登録している場合、
いずれかの本体でIDを消去すると、もう一方の本体でも『ニンテンドーeショップ』で購入したソフトや、そのセーブデータ、追加した残高が利用できなくなります。