ゲームのカートリッジの吸い出しはやった事ないけどスーパーマリオ自体が長い間販売してたロングセラー商品だし
今で言う修正版的な形である出荷ロット以降でデータが微妙に違う製品が大量にでている可能性はあるんじゃないかい
http://www.geocities.jp/gponys/fmcmdskw12.html

あと、どうやらSFCでROMの容量が違うと余った容量分をダミーデータとして入れていたので
吸い出した際にバイナリデータが違う事があるから、FCでも似たような状況も考えられる
当時の日本は半導体産業が上り調子だったし集積回路の塊のROMカートリッジなら尚更ね
http://s-endo.skr.jp/rom_differences.html#ROM_Cartridge


>>1や>>552の③.NESファイルの内容は、カートリッジのバージョンやダンプ方法によって違うは十分あり得るわけで
VC配信時に任天堂がフリーソフトの吸い出しツールで吸い出したのがたまたま海賊版と一致したなんてのはちょっとあり得ない

そもそも任天堂自身が過去に何度も復刻商法してるんだから、マスターデータ自体はある筈だしね