調べたらここに書いてた
https://support.nintendo.co.jp/app/answers/detail/a_id/32229/p/1
＞※1 Wii Uと3DSシリーズ本体に同じニンテンドーネットワークIDを登録している場合、
＞いずれかの本体でIDを消去すると、もう一方の本体でも『ニンテンドーeショップ』で購入したソフトや、
＞そのセーブデータ、追加した残高が利用できなくなります。