検査院が調べたのは、大阪府豊中市内の８７７０平方メートルの国有地の売却の経緯。
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森友学園は当初、小学校建設用地として賃借していた。だが、校舎建設工事中の２０１６年３月、地中深くにごみが見つかったと国に申告し、土地を買い取ると申し出た。
国はごみの量を１万９５２０トンと推計し、同年６月、鑑定価格９億５６００万円から撤去費用８億１９００万円などを差し引いて１億３４００万円で売却した。

ごみの量は、国有地処分を担当する財務省の近畿財務局から依頼を受け、土地を所有する国土交通省大阪航空局が試算。
０９年度に国交省がこの土地で行った６８カ所の地中調査の結果から、ごみの撤去が必要な範囲を敷地面積の約６割に絞り、最大で深さ９・９メートル、混入率４７・１％でごみが存在するとされた。

関係者によると、検査院は大阪航空局が使った過去の地下調査結果から、ごみの深さや混入率を検証。いずれも、同局が算出した数値の根拠が十分に確認できなかったという。
国は売却時、１トンあたり２万２５００円の処分単価をごみの量に掛け合わせて処分費用を算出した。ごみの量の根拠が不十分と指摘される見通しとなったことで、売却価格の妥当性が揺らぐことになりそうだ。
この国有地売却をめぐっては、値引きの根拠が不明として今年２月以降の国会で野党が厳しく追及。検査院は３月、国会の要請を受けて契約の経緯や売却価格の妥当性などを調べていた。
森友学園の籠池泰典・前理事長らと安倍晋三首相や妻の昭恵氏らとの関係が売却にどう影響したかも国会で指摘されたが、検査院の報告では触れられない見通し。