・カントー地方のポケモンのみ、しかしカントーの姿のフライゴンやオーロットが存在する
・第1世代以降の追加進化するポケモンは登場する
・ピカチュウ版から20年後の続編、リークのようなマサラ水没は無い
・御三家とは別にピカチュウはレッドから、イーブイはグリーンから受け取る
・さらにイーブイ＆ピカチュウは特別枠であり、6枠+1匹となる
・リーリエが序盤から登場する
・シナリオは「ポケモンフュージョン」に関するもので、マサキと三鳥が非常に重要なポジションとなる。
・新ポケモンは伝説・UBが登場する
・サファリでリージョンフォームゲット
・Dawn BallやLava Ballのような新しいモンスターボールの存在
・ジムリーダーに挑戦する前にポケモンを選ぶ
・多くのサイドクエスト（USUMのような）
・ポケモンGOからゲットシステムとポケストップを輸入
・ポケモンライドは続投し、なみのりはラプラスとギャラドス
・新メガシンカは無し