・いくつかの都市はスチームパンク風でそれ以外は自然溢れる地方
・テーマは機械（公害）VS自然
・伝説ポケモンは人造の公害モチーフのポケモンと自然を司るポケモン
・自転車とポケモンライドがありバージョンで別れる
・ロケット団とミュウツーが何らかの形でストーリーに関わる（本筋は違う敵勢力）
・歴代最多の新規ポケモン
・ロトムのバトルフォルムにポケデックスフォルム追加