元に戻ったのは鳥さんのDNAが元々制御の鍵のが理由

動機はX側は自分達のためにメトロイドを封印する必要があったし、鳥さん側も言わずもがなサムスを助けようと動く

ではどちらがどの目的でサムスを元に戻したのか、君の判断に任せるというエンドな訳だ