自分も去年の末にSDカード新調した際に同じようなDLのトラブル体験した
再ダウンロード中のスリープはなんらかのバグを抱えている模様、おそらくテストが足りてないんだと思う
一応ここにも検証結果を一部転載しておく
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オッケーパターン
１）スリープせずに再ダウンロードする分には大丈夫
２）再ダウンロード中に別のソフトを起動してソフト起動中にホームボタン長押ししてからのスリープなら大丈夫
NGパターン
１）再ダウンロード中に別のソフトを起動した状態で電源ボタン押してスリープしたら電源落ちる
２）再ダウンロード中に別のソフトを起動した状態でホーム画面に戻ってからスリープしても電源落ちる
３）再ダウンロード中のスリープ中にドックから本体を抜き差ししても電源落ちる
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任天堂は早急に対処するように(´・ω・`)