3DSで協力できるソフトでパッと思い当たったのは
ポケモンスクランブルとモンハン系くらいかな
ルイージマンション2もだけど、ホラー苦手となると微妙
DSのソフトだけどカービィのUSDXは結構二人プレイ向きのシステムだからオススメ