どうぶつの森って確かセーブデータ保存用に通常とは異なる
SLCタイプのメモリ使ってるって言われてたソフトだと思うから
3DS本体に使ってるSDカードの規格が今店で多く売られてるTLCタイプみたいなものなら
DL版よりカートリッジ版にしておいた方がいいかもしれん