引っかかってる部分を１と２(弐COREじゃないぞ)比べてみると
・進行はわかりやすくなってる（ただしおさらいはないので会話はちゃんと見よう）
・戦闘の長さはオプションで変えられる
・成功率回避率云々に関しては２については熟練度が得意科目があるものの
　全熟練度カバーしてるのでクワガタが撃つを無理やり極めることも可能
・パーツ変更がだるい点に関しては２のほうが圧倒的にボリューム増えて
　行動ジャンルも反撃とか単発クリアとか増えてるから戦略性はあがってる
　その分取捨選択が求められるよ

っていう感じじゃないかな
ストーリー的にも２・３・４はイッキ編の続き物だから
いきなり５に手出すとかでなければ次は２→３→４でいいと思うよ