すまん自己解決したわ。コの字型の湾の内側に港作ってたんだが建設可能地域で明るく表示されてたからそこに港作ったら船が入れないみたい。
何で船が入れない所にそもそも港作れる仕様にしてるのかちょっと罠にはまった感じだわ。
幅的にも見た目は入れそうだからちょっと納得いかんけど。