メイン2DSLLとサブ2DS
ドラクエじゃないけど他ゲームで最初は両方すれ違い通信できていたけどある日突然片方だけ受信しなくなったことならある

2台のすれ違い通信に登録している該当のゲームを削除
すれ違い通信オフ
いつの間にか通信オフ
インターネット接続オフ
本体の電源オフ
数分～数時間後に本体の電源を入れる
すれ違い通信に該当のゲームを登録
インターネット接続をして2台の本体をスリープして放置
ここで大事なのは2台ともお知らせランプが光まで数時間～丸一日触らずに放置すること

大体これで何回も治ったけどドラクエは買ってないから分からない