1.10.2ならテスト用ワールド作ってみて、/fillコマンドで地面ぶち抜いて変な鉱石生成されていないか地質調査すればいい
こんなの　(足元〜岩盤までの±7ブロックの石を空気に変換)
/fill ~-7 ~ ~-7 ~+7 1 ~+7 air 0 replace stone
/fill ~-7 ~ ~-7 ~+7 1 ~+7 air 0 replace lava　(溶岩原を空気に変換)
/fill ~-7 ~ ~-7 ~+7 1 ~+7 air 0 replace dirt　(土を空気に変換)