1.チャンクバグで関係ないチャンクに上書きされて消失
2.生成時に何らかの不具合で生成されなかった
3.バージョンをまたいだ時に生成の処理が変更されて、その地点に初めて近づいた時点では生成されない場所だった

など

フラットじゃなくて普通に新規に生成してポータルがあるようなら
何らかの不具合で既に消失してるので諦めるしかないな・・・

新規に作ったワールドで生成されないならバグなので、シード値と座標のセットでバグ報告