昔ちょこちょこ話出てたけどセーブデータ肥大化の話があったじゃん？不具合として取りざたされてないだけで、データ上にゴミが蓄積して不良動作してる、みたいな感じだったりするんじゃないかね？

可能ならばワールドをレムルズに投げて、本体のセーブデータをまっさらにしてやり直してみるとか