スマートフォンとマルチしたい → 統合版
コントローラーで遊びたい → 統合版
レッドストーンで回路を作りたい → Java版
影Modを入れて遊びたい → Java版
低スペックのPCでもストレスなく遊びたい → 統合版 (設定次第ではJava版でも)

細かいことを突き詰めて行くとJava版のほうがバグも少ないし情報量も多い
カジュアルにプレイするだけなら統合版でも問題なし