年間5000km走るとして・・・
燃費の差は5km/L以下だから年間のガス代の差は2〜3000円くらい
タイヤは有名メーカーの一番安いツーリングタイヤ同士なら前後で1万円ちょいくらいの差だがツーリングタイヤは2万キロはもつので年間にすればやはり数千円程度
自動車税の差も年間2000円
自賠責保険も年間2350円くらいの差
任意保険は走行距離や等級や年齢や保険会社にもよるが、126ccを境には大きく金額が違うが、軽二輪と大型では大差はないだろう
車検は自分で通せば5500円と安く２年毎だから年間ならその半額
その他消耗品のコスト差や法定点検の費用差も入れればトータルで維持費は年単位で2万円くらいの差になるかな？

そもそも21歳未満なら任意保険の理由で圧倒的に125ccがいいとは思うけど