ラジエーターファンが故障してオーバーヒートしたことがあるけれど
「5000回転前後でボコ付きが出て、力がなくなる」ことはありませんでした
出だしに回転が上がらず、エンストしたりします。

明らかにオーバーヒートとは症状が違うのでサーモスタット交換は無駄かと
ご自分でも書かれている通り「標高の高い峠に行くとほぼ確実に出る」のであれば
やはりキャブの調整が必要と考えます。